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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

党建引领聚合力，乡企联建奔共富******

　　“有了进口商品城这个大平台，我们再也不愁今年的农产品没销路了！”近日，浙江丽水市青田县万山乡与侨乡进口商品城商会举行“乡企党建联建·携手并进奔共富”活动。活动中，侨乡进口商品城商会与青田县昌红农业发展有限公司签订了农产品意向采购协议，签约后公司负责人潘先雄乐开了花。

　　万山乡居于群山之巅，沿山峦设居，地理位置偏远。红米酒、蜂蜜、笋干、番薯粉等是万山的特色农产品。万山也曾是红十三军、红军挺进师游击活动浙南的重要根据地，红色旅游资源丰富。2019年开始，万山乡与侨乡进口商品城商会发挥各自优势，在党支部交流、农产品销售以及人才培育等各方面开展合作，助力革命老区发展、支持农村公益事业建设、促进农民增收。

　　青田县昌红农业发展有限公司作为万山乡的强村公司，是双方联建的合作重点，每年公司都会通过商品城平台销售蜂蜜、茶叶等农产品数十万元。“从去年开始，我们的合作越来越顺畅，一方面是在人才培育和营销模式的学习交流上，由企业选派优秀党员、技术能手、经营骨干来村里开展工作经验交流、传授职业技能知识；另一方面是他们拿出真金白银从我们这采购农产品、捐助困难群体以及支持基础设施建设，多角度助力我们的乡村振兴。”潘先雄说。

　　近年来，万山乡以昌红农业发展有限公司为媒介，通过与侨乡进口商品城、广发银行等单位合作，盘活村级现有资金、资产、资源，推动产业由单打独斗、各自为战向联动协同、集团作战转变，流转闲置土地1700余亩，建设稻鱼米基地500亩、覆盆子基地655亩，高标准梯田耕地提升700亩，发展万山红米酒、蜂蜜、笋干、番薯粉等特色产业。同时，用好“红色万山”品牌，做好全乡特色农产品的统一收购、包装和销售，完善农产品展销平台和营销体系，全乡实现农产品销售超300万元。

　　“我们商会成员每年的年货采购，还有送给客户的年货都会选择万山农产品，绿色纯天然无污染。”侨乡进口商品城商会会长周勇说。双方合作以来，不仅农产品畅销了，这几年随着万山红色旅游的兴起，优质的进口商品也渐渐“走”进乡村，万山乡以进口商品代销的方式帮助商品城一年销售达20余万元，实现了双赢。

　　除了在农产品、进口商品销售上的互帮互助，双方还发挥村企间组织与人员互融、资源与优势互补、利润与效益互惠的积极作用，择优党建工作硬、发展规模大、经济效益好的企业“一对一”“一对多”结对帮扶村，积极构造党建引领、支部带头、企业帮扶、群众参与的“四种利益联结体”，共建村企利益联结体，进一步将发展成果惠及到千家万户。截至目前，通过合作，万山各村的村集体经济已从每年的5万元增长至50多万元。（通讯员叶春笼 光明日报全媒体见习记者 刘习 记者 陆健）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）